Создание программных систем визуализации и автоматизированной обработки данных в биоинформационных и биомедицинских проектах на основе действующей открытой программной платформы

Дата: 01.04.2014 Активно до 15.02.2019
Код профиля: 4231Технологическое предложение
Аннотация
Новосибирская компания специализируется на создании программных разработок в биоинформатике и автоматизации в медицине. Компания разработала открытую биоинформационную платформу для анализа большого количества данных в геномных и постгеномных технологиях. Компания ищет партнеров для технического сотрудничества среди организаций, специализирующихся на молекулярной биологии и биомедицине, разрабатывающих геномные и постгеномные технологии, требующих обработки большого количества данных.
Описание
Объем и сложность данных в молекулярной биологии растут с каждым днем, что обусловлено развитием новых технологий анализа. Программная составляющая биологических проектов играет все более важную роль, обеспечивая:
- эффективную обработку новых экспериментальных данных, их всестороннее сравнение уже накопленными в мировых базах данными
- применение многочисленных вычислительных методов анализа,
- высокую воспроизводимость вычислительных результатов.
Не каждая исследовательская организация располагает ИТ-отделом для решения всего спектра вычислительных задач. Покупка готового «коробочного» ПО не всегда закрывает все потребности, оставляя открытыми проблемы интеграции, настройки и пр.

Компания предлагает открытую биоинформационную платформу, которая подходит для решения таких задач, как сравнение последовательностей, поиск функциональных элементов, сборка геномов, и пр. Данной программой пользуются тысячи исследователей по всему миру, включая исследовательских институты России и США.
Программа может быть использована для разработки а) отдельных программных систем б) построения конвейерных вычислений по созданным сценариям в) встраивания новых алгоритмов, форматов, элементов интерфейса.
Функционал предлагаемой открытой российской платформы по многим позициям не уступает коммерческим мировым аналогам, широко используемым на рынке. Благодаря применению собственных ноу-хоу в области программирования платформа предоставляет дополнительный функционал и удобства для пользователей
Инновационные аспекты предложения
Новизна разработки по сравнению с аналогами состоит в дополнительном функционале и удобстве в использовании (простота установки, внедрения).
Платформа предлагает эффективную замену коммерческого ПО с возможностью наращивания программного функционала под нужды конкретных проектов.
Главные преимущества предложения
Преимуществами данной биоинформационной платформы являются:

1. Интеграция десятков инструментов анализа в одной системе. Легкость добавления сторонних инструментов. Интеграция системы с различными динамическими языками программирования, такими как Python, Ruby, ECMAScript.
2. Создание многошаговых вычислительных конвейеров (сценариев), что особенно удобно для анализа большого количества данных
3. Эффективное использование распределенных высокопроизводительных аппаратных ресурсов в ходе вычислений.
4. Возможность разработки специальных версий платформы и новых программных систем на основе имеющегося оптимизированного программного кода.
Технологические ключевые слова
Цифровые системы, цифровое представление данных ; Компьютерные технологии / графика, мета-вычисления ; Обработка данных / обмен данными ; Информационные технологии / информатика ; Система здравоохранения
Текущая стадия развития
Уже на рынке
Права интеллектуальной собственности
Секретное know-how
Комментарий
Программный код охраняется как ноу-хау
Тип организации
Промышленность
Размер организации
50-250
Коды рыночных применений
Обработка информации, информационные системы ; Медицина, здравоохранение
Комментарий
- Интуитивный пользовательский интерфейс
- Модульная легко расширяемая архитектура
- Следующая версия планируется многопользовательской, для совместной работы целой лаборатории
- Десятки форматов данных
- Мультиплатформенность (Windows, Linux, Mac OS)
- Программный код реализован на C++ с библиотекой Qt4
- Постоянно растущая тестовая база ( > 5000 тестов)
- Платформа входит в Linux дистрибутивы – Fedora, Ubuntu, Arch Linux, FreeBSD
- Распространение под свободной лицензией GPL. Возможность выпуска версий с закрытыми лицензиями.
Тип требующегося сотрудничества
Техническая кооперация ; Коммерческое соглашение с техническим содействием ; Производственное соглашение (субподряд & совместный подряд)
Комментарий
Тип искомого партнера: Университеты; исследовательские институты; малые и средние предприятия; промышленные предприятия.
Область деятельности партнера
I. Биомедицинские исследования, медицинская генетика
- Анализ NGS данных (full genome sequencing, exome sequencing, ChiP-seq, RNA-seq, SNP calling)
- Разработка новых тестовых систем в области медико-генетического анализа.
II. Обработка и анализ данных в вычислительной биологии и биоинформатике
- геномика (ассемблирование, выравнивание, филогенетические деревья…)
- анализ микробиомов


Задачи, стоящие перед партнером
1. Автоматизация вычислительных процессов в текущей исследовательской работе.
2. Запуск новых вычислительных процессов с внедрением новых алгоритмов анализа.
3. Оптимизация обработки биологических данных.

Контактная информация

Если Вы заинтересованы в данном проекте, пожалуйста, оставьте нам информацию о себе в этой форме:

Сколько будет 250+150? Введите ответ числом:

Компания:
Имя: Фамилия:
Пол: Мужской   Женский
Улица: А/Я:
Индекс: Город:
Телефон: Факс:
Email адрес: Страна:
Прошу контактировать с помощью: E-mail   Факс   Почта
Комментарий: